Tokat Müzesi; 1926 yılında emekli öğretmen Halis Cinlioğlu’nun çabalarıyla toplanan tarihi eserlerin, Gazi Osman Paşa Bulvarı üzerinde yer alan ve, Muiniddin Süleyman Pervane tarafından 13. yüzyıl üçüncü çeyreğinde yaptırılmış olan Gök Medrese’de toplanmasıyla kurulmuştur.
Müzenin günümüzde de içinde faaliyet gösterdiği bu anıt iki katlı, iki eyvanlı, revaklı, ortası açık avlulu plan tipine girmektedir. Bina 1976 yılında çevresindeki yapıların kamulaştırılmasıyla genişletilmiş ve 1982 yılında tekrar ziyarete açılmıştır.
Sergileme odalarında Maşat Höyük kazı eserleri, Hanözü sondaj kazısı eserleri ile Hıristiyanlık eserleri ve etnografya temelli eserler önemli bir yer tutar.
Tarihi değerleri anlamında çok önemli olan sikkeler ve süs eşyaları da müzenin nadide eserleri arasında bulunmaktadır. Tokat Müzesi çeşitlilik ve sayısal bakımdan değerlendirildiğinde çok zengin bir sikke koleksiyonuna sahiptir. Müzede ayrıca, çeşitli Anadolu medeniyetlerine ait eserler ile Ulutepe kazısı buluntuları da görülebilir.
Gök Medrese’nin yanında yer alan kalıntıda, dış bahçe ve iç bahçede çok sayıda steller, kitabeler, çeşitli İslami dönemlere ait mezar taşları, kabartma bezemeli taş eserler sergilenmektedir.